NBDC Research ID: hum0019.v1
研究内容の概要
目的： 消化器がんの発生・進展に重要な役割を果たす長鎖ncRNAの同定
方法： Illumina HiSeq 2500を使用したRNA-seq解析
対象： 消化器がん17症例（腫瘍組織/非腫瘍組織、計32検体）
URL： http://web.sapmed.ac.jp/biochem2/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000011 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2015/04/01 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 | 消化器がん患者：17症例 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 消化器がん切片から腫瘍組織と非腫瘍組織を取り分け、polyA RNAを抽出 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect XT RNA Target Enrichment for Illumina Multiplexed Sequencing |
| 断片化の方法 | 上記kit中のRNA Seq Fragmentation Mix |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000011 |
| 総データ量 |
104 GB（fastq [1,193,969.914 reads / 338 files]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 篠村 恭久
所 属 機 関： 札幌医科大学 消化器・免疫・リウマチ内科学講座
プロジェクト/研究グループ名： 札幌医科大学・分子生物学講座との共同研究
URL： http://web.sapmed.ac.jp/biochem2/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究（Ａ） | 大腸癌の発癌や進展に深く関与しうる長鎖ｎｃＲＮＡの量的・質的な異常の探索 | 24680092 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | - | ||
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000011 | 2022/12/26-2025/03/31 |
