NBDC Research ID: hum0012.v1
研究内容の概要
目的： 市民の健康づくりの推進と予防医学の発展への貢献
方法： アレイによる遺伝子型データ（一般市民を対象とする多目的コホート研究）
対象： 3712名
URL： http://zeroji-cohort.com/project/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000012 |
ながはま0次コホートスタディにおける 3712名分の遺伝子型情報 |
制限公開（Type I） | 2015/08/19 |
※リリース情報はこちら
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分子データ
| 対象 |
日本人健常人 3712名 |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
- |
| Platform | Illumina Genotyping Arrays |
| ソース | 末梢血から抽出したgDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） |
Illumina Human610-Quad Beadchip Kit HumanOmni2.5-4v1 BeadChip Kit HumanOmni2.5-8v1 BeadChip Kit HumanOmni2.5S-8v1 BeadChip Kit HumanExome-12v1 BeadChip Kit HumanCoreExome-12v1 BeadChip Kits |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenCall software (GenomeStudio) |
|
マーカー数（raw-call） ※Illumina Final Report形式ファイル |
Human610-Quad: 620,901 SNPs HumanOmni2.5-4v1: 2,443,177 SNPs HumanOmni2.5-8v1: 2,379,855 SNPs HumanOmni2.5S-8v1: 2,015,318 SNPs HumanExome-12v1: 247,870 SNPs HumanCoreExome-12v1: 538,448 SNPs |
| フィルタリング |
BLASTを用いた周辺配列アライメントによる位置の一意化。 CNV用プローブ、複数個所にマップされたプローブ、および、 マップされなかったプローブ情報を除去。 |
|
マーカー数（フィルタ後） ※ped/map形式ファイル |
Human610-Quad: 597,140 SNPs HumanOmni2.5-4v1: 2,431,379 SNPs HumanOmni2.5-8v1: 2,372,060 SNPs HumanOmni2.5S-8v1: 2,008,033 SNPs HumanExome-12v1: 246,805 SNPs HumanCoreExome-12v1: 518,247 SNPs |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000012 |
| 総データ量 | 5 GB（Illumina Final Report形式およびped/map形式※1） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※1：Illumina Final Report形式ファイルは各個人各プラットフォームのデータになります。ped/map形式ファイルは、プラットフォーム毎の対象者の遺伝子型一覧になります。
検体－プラットフォーム対応表はこちら。
提供者情報
研究代表者： 松田 文彦
所 属 機 関： 京都大学医学研究科附属ゲノム医学センター
プロジェクト/研究グループ名： ながはま0次コホート事業
URL： http://zeroji-cohort.com/project/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 特別研究経費（運営費交付金） |
ゲノム医学を用いた地域疫学コホート事業 ー大学と自治体の連携による21世紀型の新たな健康づくりの試みー |
- |
| 武田科学振興財団 特定研究助成金 | １万人ゲノム疫学コホートを用いた生活習慣病の遺伝因子の解明 | - |
|
厚生労働科学研究費補助金 難病・がん等の疾患分野の医療の実用化研究事業 |
網羅的統合オミックス解析を用いた難病の原因究明と 新規診断・治療法の確立 |
11103334 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | A genome-wide association study of serum levels of prostate specific antigen in the Japanese population. | doi: 10.1136/jmedgenet-2014-102423 | JGAD000012 |
| 2 | Three missense variants of metabolic syndrome-related genes are associated with alpha-1 antitrypsin levels | doi:10.1038/ncomms8754 | JGA0000012 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 野口恵美子 | 筑波大学 医学医療系 遺伝医学 | JGAD000012 | 2016/08/25-2022/04/01 | ||
| 岡田 随象 | 大阪大学大学院 医学系研究科 遺伝統計学 | 日本 | 日本人由来B細胞株DNAのゲノムデータを用いた遺伝統計解析手法の研究 | JGAD000012 | 2019/10/17-2029/03/31 |
| 朝野 仁裕 | 大阪大学 大学院医学系研究科 循環器内科学 | 遺伝性心血管疾患の感受性遺伝子解析研究 | JGAD000012 | 2021/06/18-2022/05/31 | |
| 吉田 善紀 | 京都大学 iPS細胞研究所 増殖分化機構研究部門 | 日本 | 肥大型心筋症の診療実態に関する多施前向き登録研究 | JGAD000012 | 2022/12/26-2024/03/31 |
