NBDC Research ID: hum0006.v2
最新版はこちらです
研究内容の概要
目的： 脳腫瘍のゲノム・遺伝子解析とその臨床病理学的意義の解明
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome、RNA-seq解析、および、メチレーションアレイ解析
対象： アストロサイトーマ6症例の初発時の腫瘍組織、再発時の腫瘍組織、および末梢血（非腫瘍組織）に、
オリゴデンドログリオーマの初発時の腫瘍組織、再発時の腫瘍組織、および末梢血（非腫瘍組織）12症例 及び、
オリゴデンドログリオーマの初発時の2カ所の別の部位の腫瘍組織、および末梢血（非腫瘍組織）4症例を追加。
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000004 | NGS (Exome) | 制限公開（Type I） | 2014/01/31 |
| JGAS000004 データ追加 | NGS (Exome、RNA-seq)、Methylation array | 制限公開（Type I） | 2017/06/05 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
脳腫瘍： アストロサイトーマ：6症例（23検体） オリゴデンドログリオーマ：16症例（48検体） データ追加分 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 初発時・再発時の腫瘍組織（または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織）および末梢血（非腫瘍組織）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Agilent SureSelect Human All Exon v.4 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris SS） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID |
JGAD000004（アストロサイトーマ） JGAD000106（オリゴデンドログリオーマ） |
| 総データ量 | 1070 GB （fastqおよびbamファイル、Reference：hg19） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | オリゴデンドログリオーマ：16症例（27検体） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 初発時・再発時の腫瘍組織（または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織）および末梢血（非腫瘍組織）から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | アルカリ法 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000107 |
| 総データ量 | 280 GB（fastq、bamファイル） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | オリゴデンドログリオーマ：16症例（30検体） |
| 規模 | メチル化アレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HumanMethylation 450 BeadChip] |
| ソース | 初発時・再発時の腫瘍組織（または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織）および末梢血（非腫瘍組織）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Illumina HumanMethylation450 BeadChip kit |
| メチル化率決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Genome Studio v2010.3 |
| フィルタリング | HumanMethylation450_15017482_v1.1 （bpm） |
| プローブ数(QC後) | 485577 methylation sites |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000108 |
| 総データ量 | 149 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 斉藤 延人
所 属 機 関： 東京大学 医学部 脳神経外科
プロジェクト/研究グループ名： 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム/がん臨床シーズ育成グループ
URL： http://p-direct.jfcr.or.jp/program/group02/team02.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
|
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT） |
分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発／ 悪性脳腫瘍克服のための新規治療標的及びバイオマーカーの創出 |
- |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Mutational Analysis Reveals the Origin and Therapy-Driven Evolution of Recurrent Glioma | doi:10.1126/science.1239947 | JGAD000004 |
| 2 | Genetic and epigenetic stability of oligodendrogliomas at recurrence | doi: 10.1186/s40478-017-0422-z | JGAD000106-JGAD000108 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
