NBDC Research ID: hum0200.v5

 

研究内容の概要

目的: 非浸潤性乳管がんの分子生物学的背景に基づいたリスク層別化因子の探索

方法: 臨床的リスク因子に基づいて非浸潤性乳管がん症例、および浸潤性乳管がんを選択し、網羅的遺伝子解析によりリスク因子との関連を検討する。

・浸潤性乳管がん:target capture sequencing(TC)解析、メチル化解析、空間トランスクリプトーム解析、single cell RNA sequencing(scRNA-seq)解析、semibulk RNA-seq解析を実施した。

・非浸潤性乳がん:上記解析に加え、whole exome sequencing(Exome)解析、single cell copy number variant(scCNV)解析、whole genome sequencing(WGS)解析も実施した。

対象: ヒト非浸潤性乳管がん、浸潤性乳管がん

 

データID内容制限公開日
JGAS000202

NGS(Exome)

シングルセルCNV解析

制限公開(Type I) 2021/03/29
JGAS000265

NGS(WGS)

メチル化解析

制限公開(Type I) 2021/05/07
JGAS000202(データ追加)

NGS(Target Capture)

NGS(Visium Spatial Gene Expression)、病理画像

制限公開(Type I) 2021/10/01
JGAS000290

NGS(Visium Spatial Gene Expression)、病理画像

制限公開(Type I) 2022/03/02
JGAS000387

NGS(semibulk RNA-seq)

NGS(scRNA-seq)

制限公開(Type I) 2022/8/29

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分子データ

Exome

対象

非浸潤性乳管がん(ICD10:D051):24症例

      腫瘍組織:28検体

      非腫瘍組織:24検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 3000]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human All Exon V7
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 200 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000287
総データ量 775 GB(fastq)
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シングルセルCNV解析

対象

非浸潤性乳管がん(ICD10:D051):3症例

      腫瘍組織:3検体

規模 single-cell CNV
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform 10x Genomics [Chromium Controller]
ソース 腫瘍組織から調整した細胞
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Chromium Single-Cell DNA Reagent Kit
コピー数決定アルゴリズム(ソフトウェア) cellranger-dna-1.1.0 (refdata-GRCh38-1.0.0.)
フィルタリング cellranger-dna-1.1.0
コピー数変異数(QC後) -
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000287
総データ量 775 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

WGS

対象

非浸潤性乳管がん(ICD10:D051):2症例

      腫瘍組織:2検体

      非腫瘍組織:2検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform

Illumina [NovaSeq 6000]

Nanopore [PromethION]

ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

Illumina:TruSeq DNA Nano

Nanopore:SQK_LSK109

断片化の方法

Illumina:超音波断片化(Covaris M220)

Nanopore:-

ライブラリ構築方法

Illumina:Paired-end

Nanopore:Single-end

リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー)

Illumina:300 bp

Nanopore:-

Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000368
総データ量 873 GB(fastq)
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メチル化解析

対象

非浸潤性乳管がん(ICD10:D051):1症例

浸潤性乳管がん(ICD10:C509):2症例

      腫瘍組織:4検体

      非腫瘍組織:3検体

規模 メチル化解析
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Nanopore [PromethION]
ソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) SQK_LSK109
メチル化率決定アルゴリズム(ソフトウェア) Nanopolish
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000368
総データ量 873 GB(fastq、tsv [ref: GRCh38.p12])
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Target Capture

対象

浸潤性乳管がん(ICD10:C509):2症例

非浸潤性乳管がん(ICD10:D051):72症例

規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合) 180遺伝子
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect XT custom capture library
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 200 bp(100 PE)
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000307
総データ量 455 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Visium Spatial Gene Expression、病理画像 (JGAS000202、JGAS000290

対象

浸潤性乳管がん(ICD10:C509):2症例

非浸潤性乳管がん(ICD10:D051):1症例

規模 Visium Spatial Gene Expression、病理画像
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 148 bp(28/120 PE)
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000308

JGAD000396

総データ量

JGAD000308:259 GB(fastq、tif)

JGAD000396:594.7 GB(fastq、tif、tsv)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

semibulk RNA-seq

対象

浸潤性乳管がん(ICD10:C509):1症例

      腫瘍組織:1検体(同一検体から2個のライブラリを作成)

非浸潤性乳管がん(ICD10:D051):1症例

      腫瘍組織:1検体(同一検体から10個のライブラリを作成)

規模 semibulk RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 3000、NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織から調製したセミバルク(細胞塊)
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Drop-Seq Laboratory Protocol, version 3.1
断片化の方法 Nextera XT(Illumina)によるタグメンテーション
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 200 bp (100PE)
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000502
総データ量 272.4 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

scRNA-seq

対象

浸潤性乳管がん(ICD10:C509):1症例

      腫瘍組織、非腫瘍組織:各1検体

非浸潤性乳管がん(ICD10:D051):1症例

      腫瘍組織、非腫瘍組織:各1検体

規模 scRNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 3000]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から調製した細胞
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Chromium single cell 3’ kit version 3 (10x Genomics)
断片化の方法 酵素反応
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 124 bp (26/98PE)
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000502
総データ量 272.4 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究(研究領域提案型)『生命科学系3分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」(「ゲノム支援」)による支援を受けました。

 

提供者情報

研究代表者: 永澤 慧

所 属 機 関: 聖マリアンナ医科大学 外科学 乳腺・内分泌外科

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本学術振興会藤田記念医学研究振興基金 乳房非浸潤性乳管癌(DCIS)の治療最適化に向けた新規再発リスク因子の検討 -
科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型) 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム 16H06279 (PAGS)

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Efficient prediction of a spatial transcriptomics profile better characterizes breast cancer tissue sections without costly experimentation doi: 10.1038/s41598-022-07685-4 JGAD000396
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間