NBDC Research ID: hum00175.v2
研究内容の概要
目的： 患者層別化のための新規バイオマーカーや治療抵抗性にかかわる関連分子を標的とした新規治療法の開発
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析、Target Capture解析（596遺伝子）
対象： 子宮類内膜腺がん69症例の原発巣腫瘍組織および非腫瘍組織、子宮内膜増殖症30症例の腫瘍組織および非腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000174 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2019/10/02 |
| JGAS000642 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2024/03/01 |
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分子データ
| 対象 |
子宮類内膜腺がん（ICD10：C541）：69症例 （原発巣腫瘍組織：118検体、非腫瘍組織：69検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V4 or V5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000254 |
| 総データ量 | 5 TB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
子宮内膜増殖症（ICD10：N850）：30症例 腫瘍組織：92検体（non-atypical 30症例 48検体、atypical 24症例 44検体） 非腫瘍組織もしくは血液：30検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 596遺伝子 |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Hyper Plus、SureSelect |
| 断片化の方法 | DNase、超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end or Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000772 |
| 総データ量 | 460 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 竹島 信宏
所 属 機 関： がん研有明病院 婦人科
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： http://genomeportal.jfcr.or.jp
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 車両競技公益資金記念財団助成金 がんの基礎的、先駆的研究 助成事業 | 再発性および治療抵抗性卵巣がんに関与する変異遺伝子群の探索 | 5144, 5274, 5393 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 類内膜腺癌の個別化医療を目指したゲノムワイドな原因遺伝子・分子標的探索 | 26462543 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | １細胞発現解析による悪性腹水貯留の分子機序の解明 | 15K06861 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 子宮体癌時系列検体を用いた黄体ホルモン治療抵抗性・再発を規定する遺伝子変異の同定 | 17K11308 |
| 科学研究費助成事業 若手研究（B） | 全ゲノムシーケンス解析による癌肉腫の責任遺伝子同定 | 17K18337 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 子宮・卵巣癌肉腫の悪性度・予後に寄与するがん免疫微小環境の解析 | 18K07338 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療加速化研究事業（P-PROMOTE） | 空間的エピゲノム解析を用いた子宮体がんの腫瘍形成過程の解明と早期診断・予防のための新規バイオマーカーの同定 | JP22ama221513 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 染色体高次構造調節因子 CTCF の子宮体癌における下流因子の探索 | JP20K09634 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Two Distinct Tumorigenic Processes in Endometrial Endometrioid Adenocarcinoma. | doi: 10.1016/j.ajpath.2019.09.022 | JGAD000254 |
| 2 | Genetic and epigenetic alterations in precursor lesions of endometrial endometrioid carcinoma | doi: 10.1002/path.6278 | JGAD000772 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 万代 昌紀 | 京都大学医学部医学研究科 婦人科学産科学教室 | 多様な臨床情報を考慮した婦人科悪性腫瘍患者のオミックス解析（全ゲノム・全トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム解析）による個別化治療の探索 | JGAD000254 | 2020/03/13-2025/03/31 |
