NBDC Research ID: hum0053.v2
研究内容の概要
目的： アスベスト曝露によって発症する悪性胸膜中皮腫の網羅的ゲノム解析により新規分子標的治療法候補分子の同定を行うとともに、新たな分子診断・治療法の開発を目指す
方法：
Whome Exome Sequencing（Exome）：悪性胸膜中皮腫患者の外科手術検体あるいは樹立した中皮腫細胞株、および、同一症例の末梢血より抽出したゲノムDNAを用いて全エクソームシークエンス解析を行った。
Whole Genome Sequencing（WGS）：悪性胸膜中皮腫患者の外科手術検体（腫瘍組織）より樹立した中皮腫細胞株より抽出したDNAを対象としたWGS解析を、large structral variantsを同定するために10X Chromiumを用いて行った。
対象： 悪性胸膜中皮腫38症例 （患者由来中皮腫細胞株12例を含む）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000062 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2016/07/20 |
| JGAS000176 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2020/04/14 |
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分子データ
| 対象 | 悪性胸膜中皮腫：38症例（腫瘍組織および非腫瘍組織ペア：76検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース |
悪性胸膜中皮腫患者の外科手術検体あるいは樹立した中皮腫細胞株より抽出したDNA（腫瘍組織） 同一症例の末梢血から抽出したDNA（非腫瘍組織） |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V4 or V5 plus lncRNA （Agilent社） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris E220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000062 |
| 総データ量 | 596 GB（bam [76 files / ref: hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 悪性胸膜中皮腫：12症例（腫瘍組織） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | 10x Genomics [Chromium Controller] |
| ライブラリソース | 悪性胸膜中皮腫患者の外科手術検体（腫瘍組織）から樹立した中皮腫細胞株より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Genome Library & Gel Bead Kit v2 |
| 断片化の方法 | Chromium Genome Library & Gel Bead Kit v2 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp x2 |
| QC方法 | default of 10x genomics SV-calling algorithms |
| マッピング方法 | Long Ranger Pipeline |
| 平均カバー率（Depth） | 46 |
| 構造変異検出方法 | Long Ranger Pipeline |
| 構造多型数 | 2399 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000256 |
| 総データ量 |
949 GB Data ファイル数：24（fastq） Analysis ファイル数：36（bed、vcf [ref：hg38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中野 孝司
所 属 機 関： 兵庫医科大学 呼吸器内科
プロジェクト/研究グループ名： 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム
URL： http://hdc-tsrg.com/
http://www.pref.aichi.jp/cancer-center/ri/01bumon/03bunshi_shuyo/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT） | 分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発（悪性中皮腫のプロファイリングによる新規分子標的の同定） | JP15cm0106068 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 悪性中皮腫のゲノム異常と代謝・細胞特性の包括的理解による新規分子標的の同定 | JP19cm0106606 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Integrative molecular characterization of malignant pleural mesothelioma. | doi: 10.1158/2159-8290.CD-18-0804 | JGAD000062 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 白石 航也 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | JGAD000062 | 2020/09/18-2023/03/31 |
