NBDC Research ID: hum0003.v1

研究内容の概要

目的： HLA遺伝子(HLA-A, -C, -B, -DRB1, -DQB1および-DPB1)におけるHLAアレル完全長塩基配列(約3kb〜14kb)を決定する

方法： Long range PCRにより目的領域を増幅し、Illumina社のMiSeqにより塩基配列を解析する

対象： 複数集団由来セルライン：33名

データID	内容	制限	公開日
DRA000908	NGS （HLAアレルの塩基配列決定）	非制限公開	2013/07/01

※リリース情報はこちら

※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。詳しくはこちら。

分子データ


対象	セルライン33名分
規模	Target Capture
対象領域（Target Captureの場合）	HLA領域 (HLA-A, -C, -B, -DRB1, -DQB1, -DPB1)
Platform	Illumina [MiSeq]
ライブラリソース	-
検体情報（購入の場合）	http://www.hpacultures.org.uk/products/celllines/hlatyped/search.jsp
ライブラリ作製方法（キット名）	Nextera
断片化方法	Nextera (Tagmentation)
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプター、プライマー、リンカー）	250 bp x 2
DDBJ Sequence Read Archive ID	DRA000908
総データ量	1.28 GB
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 井ノ上逸朗

所属機関： 国立遺伝学研究所人類遺伝研究部門

プロジェクト/研究グループ名：

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
科学研究費助成事業新学術領域研究（研究領域提案型）	HLA進化と疾病　リシークエンシングによるHLAゲノム多様性解析	22133002
公益財団法人武田科学振興財団	医学系研究奨励 (2011年度）
科学研究費助成事業新学術領域研究（研究領域提案型）	ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援	221S0002