hum0086 リリース情報
Research ID | 公開日 | 内容 |
---|---|---|
2018/06/26 2017/12/26 2017/09/25 |
NGS(PBAT-seq) NGS(ChIP-seq) NGS(RNA-seq) NGS(small RNA-seq) |
hum0086.v3
・胎盤絨毛間質細胞のRNA-seqデータ
・細胞性栄養膜細胞(胎児発育不全、妊娠高血圧症候群、18トリソミー)のPBAT-seq、RNA-seq、small RNA-seqデータ
・全胞状奇胎のPBAT-seqデータ
の追加。
hum0086.v2
・Femaleの細胞性栄養膜細胞(CT)から作製したヒト胎盤幹細胞(TS)、および、TSを合胞体栄養膜細胞(ST)や絨毛外栄養膜細胞(EVT)へ分化させた細胞のPBAT-seq、ChIP-seq、RNA-seq、small RNA-seqデータ
・MaleのCT細胞から作成したTS細胞のPBAT-seqデータ
・MaleのCT細胞から作成したTS細胞、および、TSをSTやEVTへ分化した細胞のRNA-seqデータ
・胎盤絨毛間質細胞のChIP-seqデータ
の追加。
hum0086.v1
NGS(PBAT-seq)
胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)より抽出したDNAを用いたPBAT-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。Post-Bisulfite Adaptor-Tagging(PBAT)法によりライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 1500 / 2500]によりシングルエンド / ペアエンドシークエンシングを行っている(101 bp)。
NGS(ChIP-seq)
胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)より抽出したDNAを用いたChIP-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。抗H3K4me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K27ac、H3K27me3、H3K36me3抗体を用いて免疫沈降後Ovation Ultralow System V2 kit (NuGEN) および NEBNext UltraII DNA Library Prep Kit for Illuminaを用いてChIP-seqライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 2500]によりシングルエンド / ペアエンドシークエンシングを行っている(51 - 126 bp)。
NGS(RNA-seq)
胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)より抽出したmRNAを用いたRNA-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit (Illumina)を用いてライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 2500]によりペアエンドシークエンシングを行っている(101 - 126 bp)。
NGS(small RNA-seq)
胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)より抽出したRNAを用いたsmall RNA-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina (New England Biolabs)を用いてライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 1500 / 2500]によりシングルエンドシークエンシングを行っている(64/68 bp)。
Note: