hum0086 リリース情報
| Research ID | 公開日 | 内容 |
|---|---|---|
|
2018/06/26 2017/12/26 2017/09/25 |
NGS（PBAT-seq） NGS（ChIP-seq） NGS（RNA-seq） NGS（small RNA-seq） |
hum0086.v3
・胎盤絨毛間質細胞のRNA-seqデータ
・細胞性栄養膜細胞（胎児発育不全、妊娠高血圧症候群、18トリソミー）のPBAT-seq、RNA-seq、small RNA-seqデータ
・全胞状奇胎のPBAT-seqデータ
の追加。
hum0086.v2
・Femaleの細胞性栄養膜細胞（CT）から作製したヒト胎盤幹細胞（TS）、および、TSを合胞体栄養膜細胞（ST）や絨毛外栄養膜細胞（EVT）へ分化させた細胞のPBAT-seq、ChIP-seq、RNA-seq、small RNA-seqデータ
・MaleのCT細胞から作成したTS細胞のPBAT-seqデータ
・MaleのCT細胞から作成したTS細胞、および、TSをSTやEVTへ分化した細胞のRNA-seqデータ
・胎盤絨毛間質細胞のChIP-seqデータ
の追加。
hum0086.v1
NGS（PBAT-seq）
胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）より抽出したDNAを用いたPBAT-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。Post-Bisulfite Adaptor-Tagging（PBAT）法によりライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 1500 / 2500]によりシングルエンド / ペアエンドシークエンシングを行っている（101 bp）。
NGS（ChIP-seq）
胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）より抽出したDNAを用いたChIP-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。抗H3K4me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K27ac、H3K27me3、H3K36me3抗体を用いて免疫沈降後Ovation Ultralow System V2 kit (NuGEN) および NEBNext UltraII DNA Library Prep Kit for Illuminaを用いてChIP-seqライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 2500]によりシングルエンド / ペアエンドシークエンシングを行っている（51 - 126 bp）。
NGS（RNA-seq）
胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）より抽出したmRNAを用いたRNA-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit (Illumina)を用いてライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 2500]によりペアエンドシークエンシングを行っている（101 - 126 bp）。
NGS（small RNA-seq）
胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）より抽出したRNAを用いたsmall RNA-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina (New England Biolabs)を用いてライブラリを作製し、Illumina [HiSeq 1500 / 2500]によりシングルエンドシークエンシングを行っている（64/68 bp）。
Note：
