NBDC Research ID: hum0443.v1
研究内容の概要
目的:胎児は母体にとって異物である父親由来抗原を発現するが、妊娠中は母子間免疫寛容が成立しているため拒絶されない。一方で、妊娠中でも外来微生物に対する免疫応答は維持されている。母子境界領域での、免疫応答を抑制する制御性T細胞(Treg)と、炎症反応に寄与するCD4陽性T細胞・細胞障害性T細胞との適切なバランスが妊娠維持に重要である。しかし、母子境界面(脱落膜)における多様なCD4陽性細胞とTregの全体像ならびに、妊娠高血圧腎症(PE)における変化は明らかになっていない。そこで、脱落膜CD4陽性T細胞ならびにTregの単一細胞mRNA解析+T細胞受容体(TCR)解析を行い、正常妊娠におけるCD4陽性細胞とTregの多様性を明らかにするとともに、PEの病態関連分子を明らかにすることを目的とした。
方法:脱落膜・末梢血からリンパ球を分離し、セルソーターでCD4+T細胞を分取した。これらをBD Rhapsody Single-Cell Analysis Systemにロードし、targeted RNA sequece用ならびにTCRsequence用cDNAライブラリーを作製後、シークエンスを実施した。
対象:
targeted RNA-seq:正常妊娠初期脱落膜CD4+T細胞4例、正常妊娠後期脱落膜CD4+T細胞3例、妊娠高血圧腎症脱落膜CD4+T細胞3例、 正常妊娠後期末梢血CD4+T細胞1例(正常妊娠後期脱落膜1例と同じ対象由来)
TCR-seq:正常妊娠初期脱落膜2例、正常妊娠後期脱落膜1例、正常妊娠後期末梢血1例、妊娠高血圧腎症脱落膜1例
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
---|---|---|---|
DRA017833 E-GEAD-674 |
NGS(Target RNA-seq、TCR-seq) | 非制限公開 | 2024/05/10 |
※リリース情報はこちら
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分子データ
対象 |
正常妊娠:7名(初期4名、後期3名) 妊娠高血圧腎症(ICD10:O149):3症例 正常妊娠初期脱落膜CD4+T細胞:4検体 正常妊娠後期脱落膜CD4+T細胞:3検体 妊娠高血圧腎症脱落膜CD4+T細胞:3検体 正常妊娠後期末梢血CD4+T細胞:1検体 |
規模 | Target RNA-seq |
対象領域(Target Captureの場合) |
1) BD Rhapsody T Cell Expression Panel Hs (BD Biosciences Cat#633751) 2) Rhapsody Supplemental Gene Primer for IL10 and NRP1. 3) T cell receptor |
Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
ライブラリソース | 脱落膜・末梢血より分取したCD4+T細胞から抽出したRNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | BD RhapsodyTM Targeted mRNA and AbSeq Reagent Kit |
断片化の方法 | - |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 平均 531 bp |
DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA017833 |
Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-674 |
総データ量 | 95.1 GB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
対象 |
正常妊娠:3名(初期2名、後期1名) 妊娠高血圧腎症(ICD10:O149):1症例 正常妊娠初期脱落膜:2検体 正常妊娠後期脱落膜:1検体 正常妊娠後期末梢血:1検体 妊娠高血圧腎症脱落膜:1検体 |
規模 | TCR-seq |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
ライブラリソース | 脱落膜・末梢血より分取したCD4+T細胞から抽出したRNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | BD RhapsodyTM Targeted mRNA and AbSeq Reagent Kit |
断片化の方法 | - |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | TCRα:平均 659 bp、TCRβ:平均 655 bp |
DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA017833 |
Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-674 |
総データ量 | 95.1 GB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 中島 彰俊
所 属 機 関: 富山大学 学術研究部医学系 産科婦人科学教室
プロジェクト/研究グループ名: -
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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科学研究費助成事業 基盤研究(C) | 父親抗原特異的制御性T細胞と樹状細胞による母児免疫寛容誘導メカニズムの解明 | 17K11221 |
科学研究費助成事業 若手研究 | T細胞受容体レパートリーの観点から見た妊娠と子宮悪性腫瘍の免疫学的相違 | 19K18690 |
科学研究費助成事業 若手研究 | 単一T細胞トランスクリプトーム解析による妊娠高血圧腎症治療のバイオマーカー探索 | 21K16764 |
科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A)) | 妊娠高血圧腎症の病態形成機構におけるCD4陽性細胞と絨毛細胞の細胞間相互作用の解明 | 22KK0287 |
科学研究費助成事業 基盤研究(C) | 妊娠高血圧腎症解明から見えた新規オートファジー抑制機構の解明,治療法の開発 | 19K09750 |
科学研究費助成事業 基盤研究(B) | オートファジー機能低下による妊娠高血圧症候群~治療開発およびその起源の追究~ | 22H03223 |
日本医療研究開発機構(AMED) 成育疾患克服等総合研究事業 | 不育症の原因解明、予防治療に関する研究 | JP18gk0110018 |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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1 | CD4+ T cell heterogeneity in gestational age and preeclampsia using single-cell RNA sequencing | doi: 10.3389/fimmu.2024.1401738 |
DRA017833 E-GEAD-674 |
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