NBDC Research ID: hum0257.v2
研究内容の概要
目的： ヒト膵腫瘍サブタイプの包括的解析
方法： 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドのWhole Exome sequencing、RNA sequencing、ATAC sequencing、ChIP sequencing、およびHi-C解析
対象： 膵管がん、膵管内乳頭粘液性腫瘍（IPMN）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000263 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/12/24 |
| E-GEAD-414 | NGS（RNA-seq） | 非制限公開 | 2021/12/24 |
| JGAS000264 | NGS（ATAC-seq、ChIP-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/12/24 |
| E-GEAD-416 | NGS（ATAC-seq） | 非制限公開 | 2021/12/24 |
| E-GEAD-417 | NGS（ChIP-seq） | 非制限公開 | 2021/12/24 |
| JGAS000262 | NGS（Hi-C） | 制限公開（Type I） | 2021/12/24 |
| E-GEAD-415 | NGS（Hi-C） | 非制限公開 | 2021/12/24 |
| JGAS000514 | NGS（RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C） | 制限公開（Type I） | 2023/01/10 |
| GSE202023 | NGS（ChIP-seq） | 非制限公開 | 2023/01/10 |
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※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 |
膵管がん（ICD10：C25.3）：10症例 - 腫瘍組織由来オルガノイド：10検体 膵管内乳頭粘液性腫瘍（ICD10：D13.6）：3症例 - 腫瘍組織由来オルガノイド：3検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp、150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000366 |
| 総データ量 | 121 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵管がん（ICD10：C25.3）：10症例 【JGAD000366/E-GEAD-414】腫瘍組織由来オルガノイド：22検体 【JGAD000633】1症例の腫瘍組織由来オルガノイド：4検体（HNF1B過剰発現2検体、コントロール2検体） 膵管内乳頭粘液性腫瘍（ICD10：D13.6）：5症例 【JGAD000366/E-GEAD-414】腫瘍組織由来オルガノイド：4検体、傍腫瘍組織由来オルガノイド1検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq RNA sample Preparation KitV2、TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit、TruSeq Stranded mRNA Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp、150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-414 |
| 総データ量 |
JGAD000366/E-GEAD-414：121 GB（fastq） JGAD000633：15 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵管がん（ICD10：C25.3）：17症例 - 腫瘍組織由来オルガノイド：20検体 膵管内乳頭粘液性腫瘍（ICD10：D13.6）：6症例 - 腫瘍組織由来オルガノイド：4検体、傍腫瘍組織由来オルガノイド：2検体 |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp＋25 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000367 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-416 |
| 総データ量 | 117 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵管がん（ICD10：C25.3）：2症例 【JGAD000367/E-GEAD-417】腫瘍組織由来オルガノイド：4検体（ChIP2検体＋Input2検体） 【JGAD000633/GSE202023】腫瘍組織由来オルガノイド：6検体（HNF1B過剰発現有無、抗CTCF抗体、抗H3K27Ac抗体、もしくは抗HNF1B抗体による免疫沈降） |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したクロマチン免疫沈降DNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Bioruptor UCD-250） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-417 |
| Gene Expression Omnibus ID | GSE202023 |
| 総データ量 |
JGAD000367/E-GEAD-417：117 GB（fastq） JGAD000633/GSE202023：10 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵管がん（ICD10：C25.3）：2症例 【JGAD000365】腫瘍組織由来オルガノイド：2検体 【JGAD000633】各条件につきduplicate：8検体 - 1症例の腫瘍組織由来オルガノイド：HNF1B過剰発現有無 - IPMN由来膵管がん1症例のオルガノイド：HNF1Bノックダウン有無 |
| 規模 | Hi-C |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したクロスリンク済みDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Arima Hi-C kit |
| 断片化の方法 | 制限酵素処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-415 |
| 総データ量 |
JGAD000365：159 GB（fastq） JGAD000633：493 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 立石 敬介
所 属 機 関： 東京大学医学部 消化器内科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 膵癌の包括的理解を目指した細胞間ネットワーク解析 | 19K08435 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | クロマチン動態に基づいた膵癌の治療層別化・最適化 | 21K15966 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | MNX1-HNF1B axis is indispensable for intraductal papillary mucinous neoplasm lineages | doi: 10.1053/j.gastro.2021.12.254 | JGAD000365 JGAD000366 JGAD000367 E-GEAD-414 E-GEAD-415 E-GEAD-416 E-GEAD-417 |
| 2 | HNF1B-driven three-dimensional chromatin structure for molecular classification in pancreatic cancers | doi: 10.1111/cas.15690 | JGAD000633 GSE202023 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000366 | 2022/12/26-2025/03/31 |
