2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2026-08-13
- 更新日
- 2026-08-13
- 研究
- hum0343
- データの種類
- 重症COVID19感染者のGWAS集計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
Genome wide SNPs
- 材料と対象者
重症COVID-19感染者 (ICD-10: U071) : 3,087症例
対照者: 55,896名- 実験方法
genome wide SNPs
- プラットフォーム
Illumina [Infinium Asian Screening Array]
- 試料説明
末梢血から抽出したDNA
- 試薬
Infinium Asian Screening Array
- 解析方法
genotyping: GenomeStudio
haplotype phasing: SHAPEIT4
imputation: Minimac4
関連解析: REGENIE- フィルタリング
サンプルQC: 以下のサンプルを除外
(1) sample call rate < 0.98
(2) ePCA解析をもとにEast Asianから外れる
(3) 重複・双子
バリアントQC: 以下のバリアントを除外
(1) variant call rate < 0.99
(2) アレルカウント < 5
(3) Hardy-Weinberg平衡P値 < 1.0×10^-6
(4) 日本人referenceからアレル頻度が5%以上の乖離
in houseの日本人WGS (n=11,754) をreferenceとしimputationを実施した。Imputation INFO > 0.7、アレル頻度 > 0.005でfilteringし、年齢、性別、年齢×年齢、年齢×性別、PC1~10を共変量としてREGENIEを用いてゲノムワイド関連解析を行った。- バリアント数
8,993,355
- NBDCデータセットAccession
hum0343.v5.covid19.v1
(データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください)
Dictionary file- 総データ量
266 MB (txt)
- 利用ポリシー