2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2024-06-24
- 更新日
- 2026-08-13
- 研究
- hum0343
- データの種類
- COVID19感染者末梢血のRNA-seq解析データ・SNPアレイデータ・タンパク質発現量データより算出したeQTL/pQTLサマリーデータ
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
eQTL/pQTL summary statistics
- 材料と対象者
COVID-19感染者 (ICD-10: U071) : 1,405症例 (重症者 995名、軽症者 410名) うちeQTL解析対象: 1,019症例 うちpQTL解析対象: 1,384症例 (共通部分: 998症例)
- 実験方法
eQTL/pQTL要約統計量
- プラットフォーム
RNA-seq: Illumina [NovaSeq 6000] SNPアレイデータ: Illumina [Infinium Asian Screening Array] タンパク質発現量データ: Olink Explore 3072
- 試料説明
RNA-seqで得られたfastqデータ、およびGWASで用いられたSNPアレイデータならびにタンパク質発現量データ
- ライブラリ構築
RNA-seq: RNA-seqを参照 SNPアレイデータ: GWASを参照 タンパク質発現量データ: タンパク質発現量を参照
- 解析方法
Gene level quantification and normalization: RSEM (v1.3.0) Intron cluster quantification: OlinkAnalyze v3.4.1 各遺伝子転写開始点に関して、+-1Mb以内に存在する (= cis) 変異 (アレルカウント>2) のeQTL効果をfastQTLを用い検定した。 p値が0.05以下または原因変異確率の推定値 (=PIP) が0.001以上である変異-遺伝子組の、変異頻度、p値、効果量、PIPをそれぞれsummary dataとした。 各遺伝子転写開始点に関して、+-1Mb以内に存在する (= cis) 変異 (アレルカウント>2) のpQTL効果をfastQTLを用い検定した。 p値が0.05以下または原因変異確率の推定値 (=PIP) が0.001以上である変異-遺伝子組の、変異頻度、p値、効果量、PIPをそれぞれsummary dataとした。
- フィルタリング
GTEx パイプライン (https://github.com/broadinstitute/gtex-pipeline/) に準拠
- NBDCデータセットAccession
hum0343.v3.qtl.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file
- 総データ量
881.5 MB (tsv)
- 利用ポリシー