eQTL/sQTL summary statistics

材料と対象者

COVID-19感染者 (ICD-10: U071) : 465症例 (重症者 359名、軽症者 106名)

実験方法

eQTL/sQTL要約統計量

プラットフォーム

RNA-seq: Illumina [NovaSeq 6000] SNPアレイデータ: Illumina [Infinium Asian Screening Array]

試料説明

RNA-seqで得られたfastqデータ、およびGWASで用いられたSNPアレイデータ

ライブラリ構築

RNA-seq: RNA-seqを参照 SNPアレイデータ: GWASを参照

解析方法

Gene level quantification and normalization: RSEM (v1.3.3) Intron cluster quantification: LeafCutter ( v0.2.7) 各遺伝子転写開始点に関して、+-1Mb以内に存在する (= cis) 変異 (頻度>1%) のeQTL効果をfastQTLを用い検定した。 p値が0.05以下である変異-遺伝子組の、変異頻度、p値、効果量、原因変異確率の推定値 (=PIP) をsummary dataとした。 各遺伝子転写開始点に関してtrans-eQTL効果はtensorQTLを用い検定した。 p値が5.0*10^8以下である変異-遺伝子組の、変異頻度、p値、効果量をsummary dataとした。 各イントロン分岐点に関して、+-1Mb以内に存在する変異 (頻度>1%) のsQTL効果をfastQTLを用い検定した。 p値が0.05以下である変異-イントロン領域組の、変異頻度、p値、効果量、PIPをsummary dataとした。

フィルタリング

GTEx パイプライン (https://github.com/broadinstitute/gtex-pipeline/) に準拠

NBDCデータセットAccession

hum0343.v2.qtl.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file

総データ量

465症例: 714 MB (tsv)

利用ポリシー

NBDC policy