Genome wide SNPs

材料と対象者

[GWAS-1] COVID-19感染者 (ICD-10: U071) : 2,393症例、対照者: 3,289名 [GWAS-2] [GWAS-1]のCOVID-19感染者の内、重症者: 990症例、対照者: 3,289名 [GWAS-3] [GWAS-1] の対象者の内65歳未満の者 (COVID-19感染者: 1,484症例、対照者: 2,377名) [GWAS-4] [GWAS-3]の65歳未満のCOVID19感染者の内、重症者: 440症例、対照者: 2,377名

実験方法

genome wide SNPs

プラットフォーム

Illumina [Infinium Asian Screening Array]

試料説明

末梢血から抽出したDNA

試薬

Infinium Asian Screening Array

解析方法

genotyping: GenomeStudio haplotype phasing: SHAPEIT4 (autosome) 、SHAPEIT2 (X-chromosome) imputation: Minimac4 関連解析: PLINK2

フィルタリング

SampleのQC: We excluded samples with (1) sample call rate < 0.97 (2) excess heterozygosity of genotypes > mean + 3SD (3) related samples with PI_HAT > 0.175 (4) outlier samples from East Asian clusters in principal component analysis with 1000 Genomes Project samples. GenotypingのQC: We excluded variants with (1) variant call rate < 0.99 (2) significant call rate differences between cases and controls with P < 5.0×10-8 (3) deviation from Hardy-Weinberg equilibrium with P < 1.0×10-6 (4) minor allele count < 5 Imputation後のQC: MAF ≥ 0.1% and imputation score (Rsq) > 0.5

バリアント数

[GWAS-1] 13,484,569バリアント [GWAS-2] 13,199,053バリアント [GWAS-3] 13,241,602バリアント [GWAS-4] 12,764,136バリアント

NBDCデータセットAccession

hum0343.v1.covid19.v1 [GWAS-1][GWAS-2][GWAS-3][GWAS-4] (データのダウンロードは各GWAS番号をクリックしてください) Dictionary file

総データ量

[GWAS-1] 361 MB [GWAS-2] 354 MB [GWAS-3] 354 MB [GWAS-4] 343 MB

利用ポリシー

NBDC policy