HumanDBs

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。

hum0197.v9.gwas.GCT.v1

公開日: 2022-06-10
更新日: 2026-07-31
研究: hum0197
データの種類: 頭蓋内胚細胞腫瘍のGWAS
アクセス制限: 非制限公開

解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者: 頭蓋内胚細胞腫瘍 (ICD10: C719) : 133症例対照者: 762名
実験方法: genome wide SNPs
プラットフォーム: Illumina [Infinium Asian Screening Array]
試料説明: 末梢血から抽出したDNA
試薬: Infinium Asian Screening Array
解析方法: 遺伝子型決定: GenomeStudio ハプロタイプフェージング: shapeit2 for haplotype phasing インピュテーション: minimac3 PLINK2
フィルタリング: サンプルQC: ① 検体毎のgenotyping call rate < 0.97、② PI_HAT > 0.17、③ 非東アジア系、に該当する場合除外バリアントQC: ① genotyping call rate < 0.99、② minor allele count < 5、③ P-value for Hardy-Weinberg equilibrium in controls < 1.0 × 10^−5 、④ > 10% allele frequency difference with the imputation reference panel or the allele frequency panel of Tohoku Medical Megabank Project、に該当する場合除外インピュテーション後のQC: ① Rsq < 0.7、② minor allele frequency < 0.5%、に該当する場合除外
バリアント数: 7,803,874 autosomal variants 181,867 X-chromosomal variants
NBDCデータセットAccession: hum0197.v9.gwas.GCT.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file
総データ量: 248 MB (txt)
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