2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2022-02-08
- 更新日
- 2026-07-31
- 研究
- hum0197
- データの種類
- eQTL解析データ
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
eQTL
- 材料と対象者
日本人集団: 141名
- 実験方法
eQTL
- プラットフォーム
small RNA-seq: Illumina [HiSeq 2500] 全ゲノムシーケンス: Illumina [HiSeq X Ten]
- 試料説明
JGAS000504のリードカウントデータおよび全血から抽出したgenomic DNAを用いた全ゲノムシーケンスデータ
- 試薬
small RNA-seq: JGAS000504を参照のこと 全ゲノムシーケンス: TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation Kit
- 解析方法
リードカウントについてはJGAS000504を参照のこと 全ゲノムシーケンスデータはBWA-MEM v0.7.13を用いGRCh37にアラインメントし、GATK v3.8-0を用いbest practiceに準じて解析した。 We analyzed the association between genetic variants with minor allele frequency (MAF) ≥ 0.01 within a cis-window around each miRNA (±1 Mb of the mature miRNA) and normalized expression values using MatrixEQTL v2.3.
- フィルタリング
リードカウントについてはJGAS000504を参照のこと 全ゲノムシーケンスデータはGenotype call rate <90%, ExcessHet > 60, Hardy-Weinberg平衡検定P値<1.0×10−10のバリアントを除外した上で、Beagle v5.1によるgenotype imputationを実施した。
- バリアント数
リードカウントについてはJGAS000504を参照のこと 全ゲノムシーケンスデータ: 12,171,854 variants
- NBDCデータセットAccession
hum0197.v6.eqtl.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file
- 総データ量
1.1 MB (txt)
- 利用ポリシー