2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2025-10-27
- 更新日
- 2026-07-31
- 研究
- hum0197
- データの種類
- 臨床形質およびメタボローム374形質に対するゲノムワイド遺伝子環境交互作用解析
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
genome wide SNPs
- 材料と対象者
バイオバンク・ジャパン (166,757名) 、UKバイオバンク (273,453名) (ICD 10: E11, I20, I21, I22, I23, I24, I25, I44, I45, I46, I47, I48, I49, E78, I60, I61, I62, I63, I64, H25, H26, H28, J45, J46, N20, N21, N22, J30.2) 形質数: 374
- 実験方法
genome wide SNPs
- プラットフォーム
BBJ: Illumina [HumanOmniExpressExome BeadChip、HumanOmniExpress BeadChip、HumanExome BeadChip] UK Biobank: Applied Biosystems [UK BiLEVE Axiom Array、UK Biobank Axiom Array]
- 試料説明
末梢血から抽出したDNA
- 試薬
BBJ: HumanOmniExpressExome BeadChip、HumanOmniExpress BeadChip、HumanExome BeadChip UK Biobank: UK BiLEVE Axiom Array、UK Biobank Axiom Array
- 解析方法
BBJ: Eagle、Minimac3 UK Biobank: IMPUTE4 GEM
- フィルタリング
臨床形質: : imputation quality > 0.7、minor allele frequency (MAF) > 0.01、autosomal variants メタボローム: 上記に加え (i) genotyped variants、 (ii) HapMap3 variants、 (iii) BBJまたはUKBBにおいて少なくとも1つの臨床形質についてP_G×E < 1.0×10^-7となる変異、に限定
- バリアント数
BBJ: 7,444,735 (臨床形質) 、1,009,566 (メタボローム) UK Biobank: 9,813,264 (臨床形質) 、1,478,430 (メタボローム)
- NBDCデータセットAccession
hum0197.v26.374-traits.v1 (データのダウンロードは上記データIDをクリックし、遷移先のサイトの各バイオバンク名をクリックしてください) Dictionary file
- 総データ量
1.2 TB (txt)
- 利用ポリシー