2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2016-01-28
- 更新日
- 2023-04-05
- 研究
- hum0014
- データの種類
- ２型糖尿病5,646症例および 対照者19,420名のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
２型糖尿病: 5,646症例、 対照者: 19,420名 (糖尿病を合併していない大腸-直腸がん、乳がん、前立腺がん、肺がん、胃がん、 閉塞性動脈硬化症、不整脈、脳梗塞、心筋梗塞、胆嚢・胆管がん、膵がん、過敏性症候群(薬疹)、 関節リウマチ、筋萎縮性側索硬化症、肝がん、肝硬変、骨粗鬆症、子宮筋腫の患者)
- 実験方法
genome wide SNVs
- プラットフォーム
Illumina [Human610-Quad BeadChip]
- 試料説明
末梢血から抽出したgDNA
- 試薬
Illumina Human610-Quad Beadchip kit
- 解析方法
GenCall software(GenomeStudio)
- フィルタリング
Sample Call rate < 0.98, SNP call rate < 0.99, MAF < 0.01 HWE P < 1 x 10^-6 in control
- バリアント数
479,088 SNPs (hg18)
- NBDCデータセットAccession
hum0014.v3.T2DM-2.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file
- 総データ量
72.6 MB(xlsx)
- 利用ポリシー