2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2023-04-05
- 更新日
- 2023-04-05
- 研究
- hum0014
- データの種類
- 心房細動患者9,826症例および対照者140,446名のGWAS(BBJ) 心房細動患者77,690症例および対照者1,167,040名のGWASメタ解析(BBJ、欧米人、FinnGen)
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
心房細動(ICD10: I48): 77,690症例、対照者: 1,167,040名 BBJ: 心房細動: 9,826症例、対照者: 140,446名 欧米人: 心房細動: 60,620症例、対照者: 970,216名 FinnGen: 心房細動: 7,244症例、対照者: 56,378名
- 実験方法
genome wide SNVs
- プラットフォーム
Illumina [HumanOmniExpress、HumanExome、OmniExpressExome BeadChip]
- 試料説明
末梢血から抽出したgDNA 欧米GWAS: http://csg.sph.umich.edu/willer/public/afib2018 FinnGen GWAS: https://www.finngen.fi/en
- 試薬
HumanOmniExpress、HumanExome、OmniExpressExome BeadChip kit
- 解析方法
GenCall software(GenomeStudio) minimac [imputation(1000 genomes Phase I v3 )]
- フィルタリング
BBJ GWAS: imputation quality(Rsq) < 0.3 または MAF < 0.001 を除外 メタ解析GWAS: MAF < 1% を除外
- バリアント数
BBJ GWAS: 16,817,144 SNPs メタ解析GWAS: 5,158,449 SNPs
- NBDCデータセットAccession
hum0014.v29.AF.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file
- 総データ量
BBJのGWAS集計情報: 424 MB(txt) メタ解析のGWAS集計情報: 78 MB(txt) ポリジェニックリスクスコア: 59 KB(txt)
- 利用ポリシー