2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2023-04-05
- 更新日
- 2023-09-01
- 研究
- hum0014
- データの種類
- BBJ第1コホート4,880名のmobile element多型頻度情報
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
Mobile element variations (WGS)
- 材料と対象者
BBJ第1コホート4880名のWGSデータ(下記データを含む) ・1,026名のWGSデータ(JGAD000220) ・心筋梗塞症例1,765名および認知症症例199名のWGSデータ(JGAD000495) ・胃がん症例255名のWGSデータ(AGDD_000005) ・アジアゲノムプロジェクトの1007名 ・大腸・直腸がん症例の617名 ・AGDD_000005のQCで除かれた1名 ・JGAD000220のQCで除かれた10名
- 実験方法
mobile element多型頻度情報
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq X/2500]
- 試料説明
末梢血から抽出したgDNA
- ライブラリ構築
TruSeq DNA PCR-Free Sample Prep Kit、TruSeq Nano DNA HT Sample Prep Kit
- 断片化
超音波断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
151 bp(HiSeq X)、126 bp(HiSeq 2500)
- 解析方法
MEGAnE *2
- マッピング
BWA-MEM
- リファレンス配列
GRCh37(hs37d5)
- カバレッジ
15×以上(内、1235名: 25×以上)
- Mobile Element数
24,933(4880名) 10,997(1235名)
- NBDCデータセットAccession
hum0014.v28.MEs.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file
- 総データ量
1.1 MB(txt.gz)
- 利用ポリシー