2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2020-04-20
- 更新日
- 2023-04-05
- 研究
- hum0014
- データの種類
- 日本人集団165,084名における食習慣のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
165,084名の食習慣(13項目)
- 実験方法
genome wide SNVs
- プラットフォーム
Illumina [HumanOmniExpress、HumanExome、OmniExpressExome BeadChip]
- 試料説明
末梢血から抽出したgDNA
- 試薬
HumanOmniExpress、HumanExome、OmniExpressExome BeadChip kit
- 解析方法
GenCall software(GenomeStudio) MACH minimac (v.0.1.1) [imputation(1000 genomes Phase I v3 )]
- フィルタリング
GenotypingのQC: sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, MAF < 0.005 Imputation referenceのQC: HWE P < 1 x 10^-6、MAF < 0.01に該当するSNVを除外 Imputation後のQC: Imputation quality (Rsq) < 0.7 and MAF < 0.01を除外
- バリアント数
常染色体: 5,961,480 variants(hg19) X染色体: 148,568 variants for female、170,117 variants for male(hg19)
- NBDCデータセットAccession
飲酒歴の有無 hum0014.v19.drink.v1 1週間あたりの飲酒量 hum0014.v19.dpw.v1 コーヒー摂取頻度 hum0014.v19.cafe.v1 緑茶摂取頻度 hum0014.v19.tea.v1 牛乳摂取頻度 hum0014.v19.milk.v1 ヨーグルト摂取頻度 hum0014.v19.ygt.v1 チーズ摂取頻度 hum0014.v19.cheese.v1 納豆摂取頻度 hum0014.v19.natto.v1 豆腐摂取頻度 hum0014.v19.tofu.v1 魚摂取頻度 hum0014.v19.fish.v1 小魚摂取頻度 hum0014.v19.sfish.v1 野菜摂取頻度 hum0014.v19.vege.v1 肉摂取頻度 hum0014.v19.meat.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file
- 総データ量
各形質: 約420 MB(txt.zip)
- 利用ポリシー