2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2019-03-26
- 更新日
- 2023-04-05
- 研究
- hum0014
- データの種類
- 日本人集団165,436名における喫煙習慣のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
165,436名の喫煙習慣データ
- 実験方法
genome wide SNVs
- プラットフォーム
Illumina [HumanOmniExpress、HumanExome、OmniExpressExome BeadChip]
- 試料説明
末梢血から抽出したgDNA
- 試薬
HumanOmniExpress、HumanExome、OmniExpressExome BeadChip kit
- 解析方法
minimac [imputation(1000 genomes Phase I v3 )] GenCall software(GenomeStudio)
- フィルタリング
GenotypingのQC: sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6 Imputation referenceのQC: 以下の条件に該当するSNVはreferenceから除外: 1) HWE P < 1 x 10^-6、2) MAF < 0.01 Imputation後のQC: Imputation quality (Rsq) < 0.7 and MAF < 0.01を除外
- バリアント数
常染色体: 5,961,480 SNVs(hg19) 男性X染色体(喫煙開始年齢): 163,412 SNVs(hg19) 女性X染色体(喫煙開始年齢): 146,130 SNVs(hg19) 男性X染色体(喫煙本数): 166,111 SNVs(hg19) 女性X染色体(喫煙本数): 146,114 SNVs(hg19) 男性X染色体(喫煙歴): 166,138 SNVs(hg19) 女性X染色体(喫煙歴): 146,146 SNVs(hg19) 男性X染色体(禁煙歴の有無): 166,142 SNVs(hg19) 女性X染色体(禁煙歴の有無): 146,118 SNVs(hg19)
- NBDCデータセットAccession
hum0014.v14.asi.v1(喫煙開始年齢) hum0014.v14.cpd.v1(喫煙本数) hum0014.v14.ens.v1(喫煙歴) hum0014.v14.fcs.v1(禁煙歴の有無) (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file
- 総データ量
1.9 GB(txt.gz)
- 利用ポリシー