2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2018-12-10
- 更新日
- 2023-04-05
- 研究
- hum0014
- データの種類
- ２型糖尿病腎症2,809症例および ２型糖尿病対照5,592症例のGWASメタ解析
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
[GWAS-1] ２型糖尿病腎症: 2,380症例、２型糖尿病対照(腎症非発症群): 5,234症例 [GWAS-2] ２型糖尿病腎症: 429症例、２型糖尿病対照(腎症非発症群): 358症例
- 実験方法
genome wide SNVs
- プラットフォーム
Illumina [OmniExpressExome Beadchip、Human610-Quad BeadChip]
- 試料説明
末梢血から抽出したgDNA
- 試薬
Illumina OmniExpressExome Beadchip kit Illumina Human610-Quad Beadchip kit
- 解析方法
MACH and Minimac(1000 Genomes phased JPT, CHB and Han Chinese South data n = 275, March 2012) GenCall software(GenomeStudio)
- フィルタリング
sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, MAF < 0.1%, 対照者群で HWE P < 1 x 10-6
- バリアント数
7,521,072 SNPs(hg19)
- NBDCデータセットAccession
hum0014.v12.T2DMwN.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file
- 総データ量
310 MB(csv.zip)
- 利用ポリシー