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NBDC ヒトデータベース
hum0014.v1.freq.v1
公開日
2014-09-30

更新日
2023-04-05

研究
hum0014

データの種類
心筋梗塞1,666症例および 対照健常者3,198名のGWAS

アクセス制限
非制限公開

解析手法

Genotyping by array

材料と対象者

心筋梗塞: 1,666症例、対照健常者: 3,198名

実験方法

genome wide SNVs

プラットフォーム

Illumina [Human610-Quad BeadChip、HumanHap550v3 Genotyping BeadChip]

試料説明

末梢血から抽出したgDNA

試薬

Illumina Human610-Quad Beadchip

解析方法

GenCall software(GenomeStudio)

フィルタリング

Sample Call rate < 0.98, SNP call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6

バリアント数

455,781 SNPs (hg18/GRCh36)

NBDCデータセットAccession

hum0014.v1.freq.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file

総データ量

71.3 MB(xlsx)

利用ポリシー

Genotyping by array

材料と対象者

2型糖尿病: 9,817症例、 対照者: 6,763名(健常者および糖尿病を合併していない脳動脈瘤、食道がん、子宮体がん、肺気腫、緑内障の患者)

実験方法

genome wide SNVs

プラットフォーム

Illumina [OmniExpressExome Beadchip]

試料説明

末梢血から抽出したgDNA

試薬

Illumina OmniExpressExome Beadchip kit

解析方法

GenCall software(GenomeStudio)

フィルタリング

Sample Call rate < 0.98, SNP call rate < 0.99, MAF < 0.01 HWE P < 1 x 10^-6 in control

バリアント数

552,915 SNPs (hg19)

NBDCデータセットAccession

hum0014.v3.T2DM-1.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file

総データ量

84.0 MB(xlsx)

利用ポリシー

Genotyping by array

材料と対象者

2型糖尿病: 5,646症例、 対照者: 19,420名 (糖尿病を合併していない大腸-直腸がん、乳がん、前立腺がん、肺がん、胃がん、 閉塞性動脈硬化症、不整脈、脳梗塞、心筋梗塞、胆嚢・胆管がん、膵がん、過敏性症候群(薬疹)、 関節リウマチ、筋萎縮性側索硬化症、肝がん、肝硬変、骨粗鬆症、子宮筋腫の患者)

実験方法

genome wide SNVs

プラットフォーム

Illumina [Human610-Quad BeadChip]

試料説明

末梢血から抽出したgDNA

試薬

Illumina Human610-Quad Beadchip kit

解析方法

GenCall software(GenomeStudio)

フィルタリング

Sample Call rate < 0.98, SNP call rate < 0.99, MAF < 0.01 HWE P < 1 x 10^-6 in control

バリアント数

479,088 SNPs (hg18)

NBDCデータセットAccession

hum0014.v3.T2DM-2.v1 (データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください) Dictionary file

総データ量

72.6 MB(xlsx)

利用ポリシー