NBDC Research ID: hum0419.v1
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研究内容の概要
目的： 消化器がんおよび胸部悪性腫瘍由来オルガノイドを作製し、ゲノム解析情報から有効な抗がん剤・分子標的薬剤を選定し、その抗腫瘍効果を解析することで、個別化医療における薬剤評価系の構築を行う。さらに、正常組織由来オルガノイドに遺伝子改変を加えることで、発癌に関わる分子生物学的機序を明らかにする。
方法： 全エクソームシーケンス解析
対象： 肺大細胞神経内分泌がん症例の腫瘍細胞より樹立したオルガノイド
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000641 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2024/04/24 |
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分子データ
| 対象 |
肺大細胞神経内分泌がん（ICD10：C34.1、C34.3）：3症例 腫瘍細胞3検体より樹立したオルガノイド：3検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍細胞より樹立したオルガノイドから抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect XT Human All Exon V6 Kit、SureSelect XT Reagents |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| マッピング方法 | DRAGEN Bio-IT Platform 3.9.5 |
| マッピングクオリティ | MAPQ >= 40 のリードが93.51% |
| マッピングの際のリファレンス配列 | hg19 |
| 平均カバー率（Depth） | 98.21 depth |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000771 |
| 総データ量 | 22.9 GB （bam、bai、vcf、tbi） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 深澤 拓也
所 属 機 関： 川崎医科大学 総合外科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | オルガノイド技術を用いた肺扁平上皮癌の発癌、進展機序の解明 | 22H03164 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | オルガノイドを用いた肺大細胞神経内分泌癌の分子病態および発癌メカニズムの解明 | 19K07699 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Patient-derived tumoroid models of pulmonary large-cell neuroendocrine carcinoma: A promising tool for personalized medicine and developing novel therapeutic strategies | doi: 10.1016/j.canlet.2024.216816 | JGAD000771 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
