NBDC Research ID: hum0291.v2
研究内容の概要
目的： 膵腫瘍、十二指腸腫瘍、胆道腫瘍の網羅的ゲノムプロファイリングによる疾患の病態解明
方法： 全ゲノム解析には凍結サンプルからQIAamp DNA Mini Kitを用いて、また、全エクソーム解析にはFFPEサンプルからQIAamp DNA FFPE Tissue Kitを用いてDNAを抽出した。断片化したDNA（1〜2 µg）に対し、全ゲノム解析ではTruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kitを、全エクソーム解析ではTruSeq Exome Library Prep Kit用いてライブラリを調製し、HiSeq 2000/2500にて塩基配列の読み取りを行った。RNAシーケンシングについては、凍結サンプルからIllustra RNAspin Mini RNA Isolation Kitを用いてtotal RNAを抽出した。TruSeq RNA Access Library Prep Kitを用いてライブラリを調製し、HiSeq2500にて塩基配列の読み取りを行った。
対象： 膵腫瘍 57＋6 症例、十二指腸腫瘍 6＋1 症例、胆道腫瘍 11 症例
URL： https://www.med.osaka-u.ac.jp/activities/results/2021year/yachida2021-12-9
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000359 | NGS（WGS、Exome） | 制限公開（Type I） | 2021/12/10 |
| JGAS000359（データ追加） | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/09/08 |
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分子データ
| 対象 |
膵腫瘍（ICD10：C25）：33症例 十二指腸腫瘍（ICD10：C170）：2症例 胆道腫瘍（ICD10：C240）：1症例 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | 凍結検体（腫瘍組織および非腫瘍組織のペア）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris S2 or E220ev） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000473 |
| 総データ量 | 12.8 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵腫瘍（ICD10：C25）：24症例 十二指腸腫瘍（ICD10：C170）：4症例 胆道腫瘍（ICD10：C240）：10症例 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | FFPE検体（腫瘍組織および非腫瘍組織のペア）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Exome Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris S2 or E220ev） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000473 |
| 総データ量 | 12.8 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
膵腫瘍（ICD10：C25）：43症例 腫瘍組織 43検体、非腫瘍組織 3検体 十二指腸腫瘍（ICD10：C170）：4症例 腫瘍組織 5検体、非腫瘍組織 1検体 胆道腫瘍（ICD10：C240）：1症例 腫瘍組織 1検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織もしくは非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq RNA Access Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000473 |
| 総データ量 | 361.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 谷内田 真一
所 属 機 関： 大阪大学大学院 医学系研究科 医学専攻 ゲノム生物学講座・がんゲノム情報学
プロジェクト/研究グループ名： Elucidation of molecular mechanisms of tumorigenesis and development of diagnoses and treatments based on comprehensive genomic analyses in pancreatic tumors, duodenal tumors and biliary tumors
URL： http://www.cgi.med.osaka-u.ac.jp/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 統合的ゲノム解析による消化器神経内分泌がんの本態解明 | JP17cm0106612 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Comprehensive Genomic Profiling of Neuroendocrine Carcinomas of the Gastrointestinal System | doi: 10.1158/2159-8290.CD-21-0669 | JGAD000473 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 谷本 梓 | 金沢大学 腫瘍内科 | 肺大細胞神経内分泌がん （LCNEC） に対する遺伝子プロファイルに基づいた治療戦略の確立 | JGAD000473 | 2022/04/01-2023/03/31 |
