NBDC Research ID: hum0275.v1
研究内容の概要
目的： 全エクソンシーケンスを含む網羅的ゲノム解析により固形腫瘍の遺伝学的背景を明らかにする
方法： 通常診療において何らかの病変に対する上部消化管内視鏡検査が予定され、事前に同意が得られた患者さんの、生検時に採取された正常胃粘膜から胃腺管を抽出し、全エクソン解析を行った。
対象： 胃がん既往の無いヘリコバクターピロリ未感染者
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000313 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2021/08/16 |
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分子データ
| 対象 |
胃がん既往の無いヘリコバクターピロリ未感染者：9名、45検体 正常胃粘膜検体：36検体（2か所より採取した検体を2つに分けた各4検体） 末梢血：9検体（各1検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 胃粘膜および末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | IDT Lotus DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000424 |
| 総データ量 | 156.4 GB（bam [ref: GRCh38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 小川 誠司
所 属 機 関： 京都大学 大学院医学研究科
プロジェクト/研究グループ名： 固形腫瘍における遺伝子異常の網羅的解析 / 腫瘍生物学講座
URL： http://plaza.umin.ac.jp/kyoto_tumorpatho/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 加齢や炎症に伴う組織の再構築と機能低下 | JP20gm1110011 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Indolent feature of Helicobacter pylori‑uninfected intramucosal signet ring cell carcinomas with CDH1 mutations | doi: 10.1007/s10120-021-01191-8 | JGAD000424 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
