NBDC Research ID: hum0240.v1
研究内容の概要
目的： 中枢神経原発悪性リンパ腫の診断マーカーならびに治療標的の探索研究
方法： 原発腫瘍組織と末梢血から抽出したgenomic DNAを用いたTarget Capture Sequencing解析
対象： 中枢神経原発悪性リンパ腫
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000258 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2020/10/30 |
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分子データ
| 対象 | 中枢神経原発悪性リンパ腫（ICD10：C859）：28症例 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 409遺伝子（Ion Ampliseq Comprehensive Cancer Panel） |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Torrent] |
| ライブラリソース | 原発腫瘍組織および末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0 |
| 断片化の方法 | FuPa Reagent（Thermo Fisher Scientific） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000361 |
| 総データ量 | 26 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 山中 龍也
所 属 機 関： 京都府立医科大学 腫瘍分子標的治療学
プロジェクト/研究グループ名： Genome-wide analysis in patients with primary central nervous system lymphomas.
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 脳リンパ腫のゲノム解析成果を基盤とした分子標的創薬・バイオマーカー研究 | 16H05441 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 脳悪性リンパ腫の全エクソンシーケンスを応用したゲノム創薬・バイオマーカー研究 | 24390347 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Target amplicon exome-sequencing identifies promising diagnosis and prognostic markers involved in RTK-RAS and PI3K-AKT signaling as central oncopathways in primary central nervous system lymphoma | doi: 10.18632/oncotarget.25463 | JGAD000361 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
