NBDC Research ID: hum0220.v1
研究内容の概要
目的： 静脈採血から血漿凍結までの放置時間が、採血管内の血中タンパク質濃度に与える影響について探索する
方法： 血漿・血清検体を用いて、プロテオーム解析を行う。採血してから遠心により血漿分離するまでの放置条件を振り、血漿と血清中のタンパク質濃度を比較する。得られた結果からタンパク質の濃度と放置時間の関係を検討し、経時的な濃度変化の目立つタンパク質を探索する。
対象： 健常者3名の血液（血漿、血清）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000223 | 質量分析 | 制限公開（Type I） | 2020/06/02 |
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分子データ
| 対象 |
血漿：健常人3名×6条件（計18検体） 条件：0分室温、15分室温、30分室温、1時間氷上、4時間氷上、8時間氷上 血清：健常人3名（計3検体） |
| 規模 | 質量分析 |
| ソース | 静脈血採取から凍結までの放置条件を振った血漿、および血清 |
| 試料調製方法 | 健常ボランティアから採血後に血液を氷上もしくは室温で指定時間放置し、血清もしくは血漿を調製。血清もしくは血漿検体をsodium deoxycholateおよびN-lauroylsarcosinate存在下でdithiothreitolにより還元し、iodoacetamideによってアルキル化を行った。その後lysyl endopeptideseおよびtyprinで消化した後に、液液抽出および脱塩を行うことによって質量分析試料を調製した。 |
| 測定条件 |
質量分析：Sciex TripleTOF 5600 LC: DIONEX Ultimate 3000 RSLC nano system トラップカラム：100 μm ID, 2 cm length, packed with 5 μm Acclaim PepMap100 C18 分析カラム：75 μm ID, 25 cm length, packed with 2 μm Acclaim PepMap C18 Solvent A: 0.1% formic acid in water Solvent B: 0.1% formic acid in acetonitrile Gradient: 2% B at 0–3 min, to 25% B at 63 min, to 50% B at 78 min, 98% B at 80–85 min, then 100% A, with the flow rate of 300 nl/min 同定用データ取得：Information Dependent Acquisition 定量用データ取得：SWATH (Data Independent Acquisition) |
| ピーク検出・タンパク同定方法 | タンパク質の同定はInformation Dependent AcquisitionのデータをProteoinPilot 4.5で解析をする事で実施した。同定の信頼性は1% FDRを閾値とした。タンパク質の定量はSWATHのデータをSkylineを用いる事によって実施した。定量の際に用いるスペクトルライブラリは同一検体の同定情報から構築したライブラリや研究室内の蓄積したライブラリを用いた。定量の信頼性は1% FDRを閾値とし、特異的なペプチドのピーク面積の合計をタンパク質の量として計算した。 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000314 |
| JPOST ID | JPST000553 |
| 総データ量 |
306 MB wiff：生の質量分析データの測定条件等が保存されたファイル wiff.scan：生データ（スペクトルデータ） amf：ProteinPilot softwareを使用してスペクトルのピークを抽出したピークのリストファイル txt：ProteinPilot softwareを使用して同定したタンパク質のテキストファイル |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 大槻 純男
所 属 機 関： 熊本大学大学院 生命科学研究部
プロジェクト/研究グループ名： 微生物薬学分野
URL： http://www.ohtsuki-lab.jp/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 包括的メタボロミクス・ターゲットプロテオミクスによるがん診断・薬効診断マーカー探索と革新的統合臨床診断ネットワーク構築 | JP19gm0710013 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Effects of Differences in Pre-Analytical Processing on Blood Protein Profiles Determined With SWATH-MS | doi: 10.1016/j.jprot.2020.103824 | JGAD000314 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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