NBDC Research ID: hum0215.v1
研究内容の概要
目的： アルツハイマー病の関連遺伝子群を同定し予知診断、治療に応用する
方法： 血液細胞の網羅的遺伝子発現解析（RNA-seq）
対象： アルツハイマー病317症例、軽度認知障害432症例および、認知機能正常107名（計856名）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000532 | NGS（RNA-seq）から得られたTranscripts Per Kilobase Million（TPM）データ | 制限公開（Type I） | 2022/09/28 |
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分子データ
| 対象 |
アルツハイマー病（ICD10：F00）：317症例 軽度認知障害（ICD10：F06.7）：432症例 認知機能正常：107名 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Globin、IDT for Illumina TruSeq UD Indexes |
| 断片化の方法 | 酵素反応（Elute, Prime, Fragment High Mix） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| マッピング方法 | STAR（ver. 2.5.2b） |
| リファレンス配列 | GRCh37 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | subread package（ver. 1.6.6） |
| フィルタリング（QC）方法 | FastQC（ver. 0.11.7）、Cutadapt（ver. 1.16） |
| 遺伝子数 | 約50,000 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000651 |
| 総データ量 | 48 MB（csv [TPM data]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 尾崎 浩一
所 属 機 関： 国立長寿医療研究センター 研究所 メディカルゲノムセンター
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： https://www.ncgg.go.jp/ri/lab/mgc/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 厚生労働科学研究費補助金 認知症政策研究 | 日本人認知症ゲノム解析を出発点としたオミックス-臨床情報統合解析による疾患関連パスウェーイの解析から診断、治療への応用 | H30-認知症-一般-004 |
| 長寿医療研究開発費 | 老年病の精密医療実現に向けた疾患遺伝子機能解明とゲノム−トランスクリプトーム解析研究（21-23） | 21-23 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Identification of potential blood biomarkers for early diagnosis of Alzheimer’s disease through immune landscape analysis | doi: 10.1038/s41514-022-00096-9 | JGAD000651 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
