NBDC Research ID: hum0187.v2
研究内容の概要
目的： 肝細胞がんゲノムへのウイルスゲノム挿入部位解析
方法： ウイルスキャプチャーシーケンス（NGS)、Exome（NGS）、RNA-seq（NGS）、DNA_methylation（Infinium450K）
対象： 肝細胞がん 243＋160症例
URL： https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/B型肝炎ウイルス（hbv）感染歴のある患者での肝細/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000194 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2020/05/12 |
| JGAS000233 | NGS（Exome、RNA-seq）、Methylation array | 制限公開（Type I） | 2021/05/31 |
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分子データ
| 対象 |
肝細胞がん（ICD10：C220）：243症例 腫瘍組織：243検体 非腫瘍組織：59検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | Virus integration site（ウイルス配列と、ウイルスのヒト融合配列、および非特異的に生じるウイルス以外のヒト配列を含む） |
| Platform | Illumina [MiSeq] |
| ライブラリソース | 肝がんの手術摘出組織の腫瘍組織および非腫瘍組織（腫瘍組織の周辺組織）から抽出したgDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Agilent SureSelect XT custom kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 約200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000277 |
| 総データ量 | 640 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肝細胞がん（ICD10：C220）：160症例 腫瘍組織：160検体 非腫瘍組織：160検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SeqCap EZ HGSC VCRome2.1 design1（42 Mb, NimbleGen）、SureSelect Human All Exon Kit V4/V5（Agilent Technologies） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris S2） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000328 |
| 総データ量 | 7 TB（fastq、bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肝細胞がん（ICD10：C220）：160症例 腫瘍組織：160検体 非腫瘍組織：31検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000329 |
| 総データ量 | 7 TB（fastq、bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肝細胞がん（ICD10：C220）：160症例 腫瘍組織：160検体 非腫瘍組織：28検体 |
| 規模 | メチル化アレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Infinium Human Methylation 450K BeadChip] |
| ソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Infinium HumanMethylation450 BeadChip |
| メチル化率決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Genome Studio |
| フィルタリング | - |
| プローブ数(QC後) | 485,577 methylation sites |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000330 |
| 総データ量 | 7 TB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 油谷 浩幸
所 属 機 関： 東京大学先端科学技術研究センター
プロジェクト/研究グループ名： ゲノムサイエンス分野
URL： https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/research
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 医療機器開発推進研究事業 | 肝臓癌の術後生存率を高め、医療費低減を可能とする人工知能・質量分析診断支援装置の治験 | JP19hk0102049 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 国際共同研究に資する日本人難治性がん・生活習慣病関連がん大規模統合ゲノミクス解析と国際コンソーシアムでのデータ共有による国際貢献 | JP19ck0106265 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 肝炎等克服緊急対策研究事業 | ウイルス性肝疾患を含む代謝関連肝がん発生の病態解明に関する研究 | JP19fk0210040 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | がんゲノム解析で残された微小コピー数変化の検出とその意義の解明 | 17K07195 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Impact of AAV2 and Hepatitis B Virus Integration Into Genome on Development of Hepatocellular Carcinoma in Patients with Prior Hepatitis B Virus Infection | doi: 10.1158/1078-0432.CCR-18-4041 | JGAD000277 |
| 2 | Accumulation of Molecular Aberrations Distinctive to Hepatocellular Carcinoma Progression | doi: 10.1158/0008-5472.CAN-20-0225 |
JGAD000328 JGAD000329 JGAD000330 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 河野 隆志 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | AYA （Adolescence and Young Adult） 世代がんの個別化予防に資する遺伝要因の同定を目指す研究 | JGAD000277, JGAD000328, JGAD000329, JGAD000330 | 2021/11/29-2025/03/31 | |
| Jinyan Huang | Zhejiang University School of Medicine | Comprehensive analysis of alternative splicing in malignant tumors | JGAD000277 | 2022/03/07-2024/01/01 | |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000329 | 2022/12/26-2025/03/31 |
| Jian Cao | Rutgers Cancer Institute of New Jersey, Rutgers, The State University of New Jersey | アメリカ合衆国 | Analyzing oncovirus in NBDC tumor sequencing data | JGAD000277, JGAD000328, JGAD000329, JGAD000330 |
2023/01/11-2025/12/31 |
