NBDC Research ID: hum0176.v1

研究内容の概要

目的： 子宮及び卵巣がん肉腫におけるドライバー変異の体系的探索

方法： Illumina HiSeq 2000を使用した Exome / Target Capture解析

対象： 子宮がん肉腫92症例、卵巣がん肉腫17症例の正常組織（非腫瘍組織）と原発巣の腫瘍組織

データID	内容	制限	公開日
JGAS000172	NGS（Exome、Target Capture）	制限公開（Type I）	2019/10/02

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分子データ


対象	子宮がん肉腫（ICD10：C549）：1症例（2検体）卵巣がん肉腫（ICD10：C56）：3症例（6検体）
規模	Exome
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース	腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	SureSelect Human All Exon V4 or V5
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000250
総データ量	646 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy


対象	子宮がん肉腫（ICD10：C549）：91症例（182検体）卵巣がん肉腫（ICD10：C56）：14症例（28検体）
規模	Target Capture (CS-A, CS-B)
対象領域（Target Captureの場合）	CS-A: 491 genes, 2.605 Mbps CS-B: 114 genes, 422.9 kbps
Platform	Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース	腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	SureSelect XT Custom
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000250
総データ量	646 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 森誠一

所属機関： がんプレシジョン医療研究センター

プロジェクト/研究グループ名： -

URL： http://genomeportal.jfcr.or.jp

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
車両競技公益資金記念財団助成金がんの基礎的、先駆的研究　助成事業	再発性および治療抵抗性卵巣がんに関与する変異遺伝子群の探索	5144, 5274, 5393
科学研究費助成事業基盤研究（C）	類内膜腺癌の個別化医療を目指したゲノムワイドな原因遺伝子・分子標的探索	26462543
科学研究費助成事業基盤研究（C）	１細胞発現解析による悪性腹水貯留の分子機序の解明	15K06861
科学研究費助成事業基盤研究（C）	子宮体癌時系列検体を用いた黄体ホルモン治療抵抗性・再発を規定する遺伝子変異の同定	17K11308
科学研究費助成事業若手研究（B）	全ゲノムシーケンス解析による癌肉腫の責任遺伝子同定	17K18337
科学研究費助成事業基盤研究（C）	子宮・卵巣癌肉腫の悪性度・予後に寄与するがん免疫微小環境の解析	18K07338

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間
万代昌紀	京都大学医学部医学研究科婦人科学産科学教室		多様な臨床情報を考慮した婦人科悪性腫瘍患者の尾ミックス解析（全ゲノム・全トランスクリプト-ム・プロテオーム・メタボローム解析）による個別化治療の探索	JGAD000250	2020/03/13-2025/03/31
白石航也	国立研究開発法人国立がん研究センター研究所ゲノム生物学研究分野		ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明	JGAD000250	2020/09/18-2023/03/31