NBDC Research ID: hum0169.v2
研究内容の概要
目的： 遺伝子解析により、ヒト由来中枢神経原発悪性リンパ腫の細胞株と、細胞株を樹立する際に用いた中枢神経原発悪性リンパ腫を持つ患者の腫瘍組織を比較する
方法： 全エキソン解析（copy number alteration及びsingle nucleotide variant）
対象： 樹立した９種類のヒト由来中枢神経原発悪性リンパ腫細胞株（PDX；第１～４世代 ）及び中枢神経原発悪性リンパ腫症例の腫瘍組織ならびに末梢血
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000178 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2019/06/01 |
| JGAS000178（データ追加） | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2020/07/17 |
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分子データ
| 対象 |
中枢神経原発悪性リンパ腫（ICD10：C859）：9症例 YML9：Patient Derived Xenograft（PDX）マウス（第1世代、第2世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 YML11：PDXマウス（第1世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 YML3：PDXマウス（第2世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 YML4：PDXマウス（第1世代、第4世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 YML8：PDXマウス（第1世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 YML12：PDXマウス（第1世代、第2世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 YML15：PDXマウス（第1世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 YML16：PDXマウス（第1世代、第2世代、第3世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 YML17：PDXマウス（第1世代）及び患者腫瘍組織ならびに末梢血 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 細胞株及び腫瘍組織ならびに末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina®、SureSelect Human All Exon V6 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 125 bp |
| クオリティコントロール方法 | Quality Value 20未満の塩基をマスク |
| マッピング方法 | bwa-mem、bowtie2 |
| 平均カバー率 | 84%（20X以上） |
| コピー数決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Log-R ratio（calculated with in-house pipline） |
| フィルタリング | Log-R ratio 1.0以上、−1.0以下 |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Mutect2、Varscan2 |
| フィルタリング | リード数20以上、変異率10%以上 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000259 |
| 総データ量 |
101 GB + 150 GB Data ファイル数：7（bam） + 25 (bam [ref：hg38]） Analysis ファイル数：10（tab [ref：hg38]） + 36（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 山本 哲哉
所 属 機 関： 横浜市立大学脳神経外科
プロジェクト/研究グループ名： Neurosurgical-Oncology lab, Yokohama City University
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | IDH変異神経膠腫のDNA高変異に起因する悪性化回避を目指した治療法の開発 | 19K09488 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | A Rapid Genotyping Panel for Detection of Primary Central Nervous System Lymphoma | doi: 10.1182/blood.2020010137 | JGAD000259 |
| 2 | A Hyperactive RelA/p65-Hexokinase 2 Signaling Axis Drives Primary Central Nervous System Lymphoma | doi: 10.1158/0008-5472.CAN-20-2425 | JGAD000259 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
