NBDC Research ID: hum0138.v2
研究内容の概要
目的： 肝がんの発生母地となる肝硬変再生結節の発がんポテンシャルを明らかにすること
方法： 全エクソン解析および全トランスクリプトーム解析
対象： 肝硬変、肝がん症例および健常者
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000134 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/07/31 |
| JGAS000134（データ追加） | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/03/26 |
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分子データ
| 対象 |
肝硬変（ICD10：K746）：1症例（10検体） 肝がん（ICD10：C220）：4症例（4検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 肝硬変病変部、腫瘍組織、及び非腫瘍組織切片から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon v5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000203 |
| 総データ量 | 152 GB（bam [ref：GRCh37]、fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肝硬変（ICD10：K746）：9症例（15検体） 健常者：7名 生体肝移植手術の過程で得られた健常者の正常肝組織の余剰組織 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 4000] |
| ライブラリソース | 肝硬変症例の肝硬変病変部、非腫瘍組織切片及び健常者の正常肝組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq RNA Sample Preparation v2 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000203 |
| 総データ量 |
肝硬変症例：152 GB（bam [ref：GRCh37]、fastq） 健常者：16.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 高井 淳
所 属 機 関： 京都大学大学院 医学研究科 消化器内科学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 肝硬変"再生結節"の細胞クローン動態と発癌機構の解明 | 17H04158 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Comprehensive analysis of genetic aberrations linked to tumorigenesis in regenerative nodules of liver cirrhosis. | doi: 10.1007/s00535-019-01555-z | JGAD000203 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Robert Tsai | Institute of Biosciences & Technology, Texas A&M Health Science Center | Genome-wide Discovery of new Plasma DNA Mehylation Makers for Tracking the Progression of NAFLD to NASH and HCC | JGAD000203 | 2020/11/06-2022/08/31 | |
| Jinyan Huang | Zhejiang University School of Medicine | Comprehensive analysis of alternative splicing in malignant tumors | JGAD000203 | 2022/03/07-2024/01/01 | |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000203 | 2022/12/26-2025/03/31 |
