NBDC Research ID: hum0086.v3

 

研究内容の概要

目的: 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム(The International Human Epigenome Consortium: IHEC)に参画し、日本人検体から得られた胎盤組織の高品質な標準エピゲノムプロファイルを取得し、データを広く公開し研究基盤形成に貢献する。

方法: PBAT-seq、ChIP-seq、RNA-seq、small RNA-seq

対象: 胎盤(細胞性栄養膜細胞 [正常/CT、胎児発育不全/FGR-CT、妊娠高血圧症候群/PE-CT、18トリソミー/Tri-18-CT]、合胞体栄養膜細胞 [ST]、絨毛外栄養膜細胞 [EVT]、FemaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、MaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、全胞状奇胎

URL: http://crest-ihec.jp/project/index.html

 

データID内容制限公開日

JGAS000073
(JGA000074)

JGAS000107
(JGA000117)

NGS(PBAT-seq)

NGS(ChIP-seq)

NGS(RNA-seq)

NGS(small RNA-seq)

制限公開(Type I)

2017/09/25

2017/12/26

2018/06/26

※リリース情報はこちら

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分子データ

PBAT-seq

対象 胎盤(細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全(ICD10:P059)、妊娠高血圧症候群(ICD10:O149)、18トリソミー(ICD10:Q913)]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、全胞状奇胎(ICD10:O010)、FemaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化)、MaleのCTから作製したTS(未分化):計28検体
規模 PBAT-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 1500/2500]
ライブラリソース 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、全胞状奇胎、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Post-Bisulfite Adaptor-Tagging(PBAT)法
断片化の方法 PBAT法による(Bisulfite変換に伴うDNA切断)
ライブラリ構築方法 Paired-end、Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000073

JGAD000115

総データ量

JGAD000073:4.08 TB(fastq)

JGAD000115:339.44 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

ChIP-seq

対象 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、FemaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化):計25検体
規模 ChIP-seq
対象領域(Target Captureの場合) 抗体:6種(H3K4me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K27ac、H3K27me3、H3K36me3)+Input
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Ovation Ultralow System V2 kit (NuGEN) および NEBNext UltraII DNA Library Prep Kit for Illumina
断片化の方法 超音波断片化(Covaris M220)
ライブラリ構築方法 Paired-end、Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 51-126 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000073

JGAD000115

総データ量

JGAD000073:4.08 TB(fastq)

JGAD000115:339.44 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq

対象 胎盤(細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全(ICD10:P059)、妊娠高血圧症候群(ICD10:O149)、18トリソミー(ICD10:Q913)]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、FemaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化)、MaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化):計34検体
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したmRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101-126 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000073

JGAD000115

総データ量

JGAD000073:4.08 TB(fastq)

JGAD000115:339.44 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

small RNA-seq

対象 胎盤(細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全(ICD10:P059)、妊娠高血圧症候群(ICD10:O149)、18トリソミー(ICD10:Q913)]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、FemaleのCTから作製したTS(未分化、STへ分化、EVTへ分化):計23検体
規模 small RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 1500/2500]
ライブラリソース 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 64 or 68 bp(アダプター込み)
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000073

JGAD000115

総データ量

JGAD000073:4.08 TB(fastq)

JGAD000115:339.44 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 佐々木 裕之

所 属 機 関: 九州大学 生体防御医学研究所

プロジェクト/研究グループ名:革新的先端研究開発支援事業(AMED-CREST) 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム(IHEC)佐々木チーム

URL: http://crest-ihec.jp/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業(AMED-CREST) 「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 The International Human Epigenome Consortium: A blueprint for scientific collaboration and discovery. doi: 10.1016/j.cell.2016.11.007 JGAD000073
2 Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta doi: 10.1016/j.ajhg.2016.08.021 JGAD000038 (hum0040)
3 Derivation of Human Trophoblast Stem Cells doi: 10.1016/j.stem.2017.11.004

JGAD000115

JGAD000121 (hum0112)

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
Nehemiah Alvarez De Novo Genomics Corporation JGAD000073,
JGAD000115
2018/02/02-2018/12/31
R. Michael Roberts University of Missouri, Animal Sciences / Biochemistry JGAD000073,
JGAD000115
2018/03/02-2019/02/15
Guillaume Bourque McGill University / McGill University & Genome Quebec Innovation Center JGAD000073,
JGAD000115
2018/06/07-2020/03/20
Martin Hirst BC Cancer JGAD000073,
JGAD000115
2018/08/06-2022/05/31
Zhaobo Lin ShanghaiTech University JGAD000073,
JGAD000115
2018/11/12-2020/09/01
Zhigang Xue School of Medicine and Life Science, Tongji University JGAD000073,
JGAD000115
2018/12/17-2022/12/31
Todd Macfarlan National Institute of Child Health and Human Development JGAD000073,
JGAD000115
2018/12/17-2019/10/31
William S.B. Yeung Department of Obstetrics and Gynaecology, the University of Hong Kong JGAD000073,
JGAD000115
2019/02/12-2020/12/13
Amir Eden Department of Cell and Developmental Biology, Insitute of Life Sciences, The Hebrew University of Jerusalem JGAD000073,
JGAD000115
2019/05/07-2021/09/30
Austin Smith Wellcome-MRC Cambridge Stem Cell Institute, University of Cambridge Comparison of trophoblast stem cell cultures JGAD000073,
JGAD000115
2019/08/19-2021/10/31
Thorold W. Theunissen Washington University School of Medicine in St. Louis Assessment of trophoblast fates derived from human pluripotent stem cells JGAD000073,
JGAD000115
2019/12/06-2021/09/16
Hui Li Department of Histoembryology, Genetics and Developmental Biology, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine Derivation of Human Induced Trophoblast Stem Cells from Embryonic Stem Cells JGAD000073,
JGAD000115
2020/01/15-2023/12/30
大串 雅俊 京都大学 ウイルス・再生医科学研究所 発生システム制御分野 ヒト多能性幹細胞の分化ポテンシャルに関する研究 JGAD000073,
JGAD000115
2020/03/19-2022/09/26
Anton Wellstein Georgetown University School of Medicine, Department of Oncology Biomarkers to evaluate immune related adverse events (irAEs) due to treatment with immune checkpoint inhibitors (ICIs) JGAD000073,
JGAD000115
2020/11/06-2021/09/01
Kichoon Lee Department of Animal Sciences, The Ohio State University Investigation on allele-specific gene expressions in humans JGAD000073,
JGAD000115
2021/05/24-2021/12/31
秦 健一郎 国立成育医療研究センター 周産期病態研究部 胎児発育異常の遺伝子・ゲノム解析 JGAD000073,
JGAD000115
2021/06/11-2022/03/31
Lin GAO The Hong Kong University of Science and Technology Defining the transcriptional regulatory roles of retrotransposons in human placenta cells. JGAD000073,
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2021/08/11-2024/05/28
秦 健一郎 国立成育医療研究センター研究所 周産期病態研究部 胎児発育異常の遺伝子・ゲノム解析 JGAD000073,
JGAD000115
2022/01/05-2022/03/31
Gianluca Ursini Lieber Institute for Brain Development, Johns Hopkins University School of Medicine アメリカ合衆国 Analysis of the transcriptional profile of Human Trophoblast Stem Cells JGAD000073,
JGAD000115
2022/04/20-2023/03/31
Ming-an Sun 揚州大学 College of Veterinary Medicine 中華人民共和国 The activation and function of endogenous retroviruses in mammalian placentae JGAD000073,
JGAD000115
2022/06/20-2024/06/30
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000073,
JGAD000115
2022/12/26-2025/03/31
Wilfried Haerty Earlham Institute イギリス Understanding epigenetic drift in a transient reproductive tissue - defining the effects on gestation ageing and cell identity within the placenta JGAD000073,
JGAD000115
2023/04/10-2024/01/31
Paul Robson The Jackson Laboratory for Genomic Medicine アメリカ合衆国 Modeling extra-embryonic mesoderm lineage development with human induced pluripotent stem cells JGAD000073,
JGAD000115
2024/02/09-2026/12/26
依馬 正次 滋賀医科大学 動物生命科学研究センター 幹細胞・ヒト疾患モデル研究分野 日本 ヒト胎盤からの栄養膜幹細胞の単離と性状解析 JGAD000073,
JGAD000115
2024/08/19-2026/08/31