hum0035　リリース情報

Research ID公開日内容
hum0035.v5 2020/12/18 NGS（RNA-seq、Target Capture）
hum0035.v4 2020/12/14 NGS（Target Capture、RNA-seq）、SNP-chip、メチル化アレイ
hum0035.v3 2020/05/29 NGS（Target Capture、RNA-seq）、SNP-chip、メチル化アレイ
hum0035.v2 2017/12/26 NGS（Exome、Target amplicon deep sequencing、RNA-seq）、SNP-chip、メチル化アレイ
hum0035.v1 2015/09/16 NGS（Exome）

 

hum0035.v5

このバージョンでは、小児高リスク神経芽腫30症例の腫瘍組織を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000246）。

・RNA-seq解析：BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illuminaを用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。

・Target Capture解析：塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。

 

hum0035.v4

このバージョンでは、小児胚細胞腫瘍51症例の腫瘍組織を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000204）。

・SNP-chip解析：Copy Number Variation (CNV)の決定には、GeneChip Human Mapping 250k NsplもしくはCytoscan HD（Affymetrix）を使用している。

・Target Capture解析：塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。

・RNA-seq解析：BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina もしくはIllumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 を用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。

・メチル化アレイ解析：Infinium MethylationEPIC（Illumina）を用いてメチル化解析を行った。

 

hum0035.v3

このバージョンでは、小児肝芽腫59症例の腫瘍組織とHBL細胞株2検体を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000188）。

・SNP-chip解析：Copy Number Variation (CNV)の決定には、GeneChip Human Mapping 250k NsplもしくはCytoscan HD（Affymetrix）を使用している。

・Target Capture解析：塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。

・RNA-seq解析：BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina もしくはIllumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 を用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。

・メチル化アレイ解析：Infinium MethylationEPIC（Illumina）を用いてメチル化解析を行った。

 

hum0035.v2

このバージョンでは、神経芽腫522症例、小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）、神経芽腫細胞株39検体を対象とした以下の解析結果を追加した（JGAS000046、JGAS000088）。

・SNP-chip解析：神経芽腫522症例、小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）、神経芽腫細胞株39検体

Copy Number Variation (CNV)の決定には、GeneChip Human Mapping 250k NsplもしくはCytoscan HD（Affymetrix）を使用している。

・NGSによるTarget amplicon deep sequencing：神経芽腫 522症例の腫瘍組織

塩基配列型決定には、HiSeq 2000、MiSeq（Illumina）を使用している。

・エクソーム解析：小児膵芽腫10症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）

SureSelect Human ALL Exon kit（50Mb kit, v4もしくはv5）を用いてExon領域にしぼり、HiSeq 2000/2500にて平均長75-108塩基のDNA断片を解読した（Paired-end）。

・RNA-seq解析：小児膵芽腫10症例の腫瘍組織のみ

BioLabs NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina もしくはIllumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 を用いてライブラリを作製し、HiSeq 2500にて平均長108塩基断片を解読した（Paired-end）。

・メチル化アレイ解析：小児膵芽腫10症例の腫瘍組織のみ

Infinium MethylationEPIC（Illumina）を用いてメチル化解析を行った。

 

hum0035.v1

このバージョンでは、小児横紋筋肉腫16症例および胸膜肺芽腫7症例の腫瘍組織と、対応する末梢血（非腫瘍組織）をペアでエクソーム解析し、その結果をbamファイルにて提供する（JGAS000036）。SureSelect Human ALL Exon kit（50Mb kit, v4）を用いてExon領域にしぼり、HiSeq 2000/2500にて平均長75-108塩基のDNA断片を解読した（Paired-end）。

 

Note：